食品保健品洁净室（区）是在食品行业的原料加工、深加工生产的一门洁净技术的应用。食品行业的洁净室，除了控制空气中的微粒外，也对空气环境的微生物控制严格，在技术上防止微生物对食品的交叉污染。其中最具代表性的是无菌包装，食品的无菌包装（如软包装鲜果汁、牛乳等等），就是在洁净环境中完成包装工艺，在保持食品色、香、味、营养等方面大大优于一般的高温杀菌的罐装食品。除了无菌包装，空气洁净技术在食品酿造、发酵中也有很高的应用。食品保健品洁净厂房行吊的洁净等级共有A级、B级、C级、D级四个等级，每一个等级都有不同的工艺参数要求。

在这类洁净室更注重卫生、安全，对车间内墙壁、天花板和门窗均应选用无毒、浅色、防水、防霉、不脱落、易于清洗的材料修建；墙角、地角、顶角应当具有弧度（曲率半径应不小于3cm）；车间内的操作台、传送带、运输车、工器具均用无毒、耐腐蚀、不生锈、易清洗消毒、坚固的材料制作。尽可能使完成的洁净室能给客户创造价值，这类洁净室有很多余热等可回收的能源，对这类的洁净室有很多在节能方面的措施方案潜力挖掘。